Résumé : Cet article insiste sur le rationalisme moral de Bayle afin de mettre en question son supposé scepticisme, de délimiter le domaine des droits de la conscience, de dissiper le faux problème du persécuteur de bonne foi, d’analyser les termes dans lesquels il bannit l’athéisme de la Cité, et enfin afin de mieux saisir la contradiction entre le rationalisme moral du Commentaire philosophique où est fondée la doctrine baylienne de la tolérance et le fidéisme extrême du Dictionnaire.