Résumé : Cet article propose d’interpréter le cartésianisme à partir du point de vue de ses détracteurs en médecine sur la période 1650-1875 structurée autour de trois ancrages : Stahl et l’animisme (1684-1720) ; Montpellier et le vitalisme (1753-1775) ; Cournot et le vitalisme (1875). Cette lecture montre comment l’histoire de la médecine s’est polarisée autour d’une confrontation entre un réductionnisme mécanique et un vitalisme toujours en quête de concepts et méthodes alternatifs.