Selon Bayle un « travail périlleux » mais indispensable au sein de la République des Lettres où règne une liberté totale de critique au nom de la raison. Le Dictionnaire historique et critique est aussi objet de censure de la part de Pierre Jurieu et de l’Église wallonne de Rotterdam. En 1702, dans la deuxième édition du Dictionnaire, Bayle publie une série de quatre « éclaircissements » où il se défend des accusations portées contre lui mettant en œuvre de véritables stratégies rhétoriques et philosophiques.
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